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1993年3月28日，由云南大理造纸厂独家发起以定向募集方式设立了云南大理造纸股份有限公司，注册资本4030万元。
1997年2月9日，经中国证监会批准，向社会公开定价发行人民币普通股（A股）1578万股，每股发行价3.75元，共计募集资金5617.68万元，总股本增至5608万股。
1998年7月9日，公司实施了每10股送红股2股的利润分配方案，公司总股本增至6729.6万股。
1999年10月15日，公司实施每10股送红股3股、转增3股的中期利润分配方案，总股本增至10767万股。
2000年4月17日, 公司1999年度股东大会审议通过了《关于公司总部迁移及购买房产的议案》，决定将公司总部迁移至云南省昆明市。
2000年7月17日，经云南省工商行政管理局核定批准，公司名称变更为“云南新概念保税科技股份有限公司”，股票简称为“保税科技”。
2001年2月26日，经中国证券监督管理委员会批准，公司实施了每10股配售3股的2000年配股方案，配股总数为社会流通股1156.608万股。
2001年5月28日，募集资金投资项目79万吨多用途码头开工建设。
2002年7月16日，募集资金投资项目79万吨多用途码头竣工，建成的码头可靠泊800-50000吨级船舶，年吞吐量可达90万吨，仓储区建有总储量为10.6万立方米的30台储罐。10月8日，码头投入试运营。
2003年1月，公司造纸业务全面停止生产。7月12日，公司完成了大理造纸分公司在职职工的安置工作。
2006年7月3日，公司召开股权分置改革相关股东会议通过了《云南新概念保税科技股份有限公司股权分置改革方案》，对价方案为流通股股东每10股获赠3股，7月20日，股份上市流通。
2006年11月24日，公司实施向全体股东每10股转增3股的资本公积金转增股本方案，转增后的总股本由119,239,680元增至155,011,584元。
2008年7月31日，公司经营范围修订为“生物高新技术应用、开发；高新技术及电子商务、网络应用开发；港口码头、保税物流项目的投资；其他实业投资。”
2008年10月6日，公司实施向全体股东以每 10 股转增1.5股的资本公积金转增股本方案，转增后总股本由155,011,584股增至178,263,322元。
2009年6 月23日，公司办公地址变更为江苏省张家港保税区北京路保税科技大厦六楼。
2009年7月9日，公司更名为“张家港保税科技股份有限公司”；公司住所变更为“张家港保税区北京路保税科技大厦”；公司更名后在上海证券交易所的证券简称和证券代码保持不变，仍为“保税科技”和“600794”。
2009年7月21日，公司股改有限售条件的流通股股份71942558股上市流通，至此公司股份全部为无限售条件的流通股份。
2011年4月8日，公司向全体股东以资本公积金每10股转增2股，实施后总股本为213915986股，增加35652664股。
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